En 1796, un año después de la Paz de Basilea, España firma con la Convención Nacional Francesa el tratado de San Ildefonso. Más tarde, en 1801, se firma en Aranjuez un tratado con el Primer Imperio Francés y la Corona española retoma el pacto de familia que los Borbones tenían a un lado y otro de los Pirineos. Derivado de ese acuerdo y obedeciendo la enemistad francesa con la corte británica, España se ve inmersa en diferentes hechos lamentables como la efímera Guerra de las Naranjas para obligar a Portugal a romper relaciones con Gran Bretaña, o el apoyo económico y militar en la guerra naval franco-británica que desencadena en el desastre de Trafalgar de 1805.
La España de la época es una versión maquillada de la España feudal del medievo. Asolada por la crisis económica permanente, hambrunas y epidemias que diezmaban a la población. En el lado contrario la Francia de la época era moderna y poderosa. Napoleón era un militar de carrera de familia nacionalista corsa, hijo, en lo político, de la revolución francesa. Huyó del horror de las políticas de Robespierre, pero no se acercó en nada al despotismo ilustrado de los Borbones galos. Quiso utilizar los tratados con la corona española para llegar a Portugal, tomando de paso cada vez más posiciones militares por el camino. Esto alertó a Manuel Godoy, primer ministro y favorito del que era su marioneta, Carlos IV. Se llevó a la corte a Aranjuez para poder escapar hacia América vía Sevilla si se diera el caso. El pueblo se lo olió y el Motín de Aranjuez acabó con la carrera de Godoy. Motín que la nobleza, hundida en la laxitud y la mezquindad absolutista, aprovechó para apoyar el golpe de estado que daría la corona a Fernando VII.
Bonaparte acaba apartando a los Borbones y sienta en el trono a su hermano mayor José, recordado como Pepe Botella, aunque era abstemio, o Pepe Plazuelas, por el saneamiento urbanístico que realizó en Madrid. Además instauró el Código Civil Napoleónico, que aun hoy en día es la base de la legislación francesa y erradicó la Inquisición. Poco mas pudo hacer dado que el pueblo, harto de alimentar a las tropas francesas cuando ellos llevaban años de hambrunas, y algo manipulado por el clero y la nobleza, se había levantado contra «la canalla», como llamó a los franceses la maquinaria borbónica que siguió en marcha hasta iniciado el siglo XX.
Durante la invasión napoleónica se reunieron las Cortes en Cádiz. El 19 de marzo de 1812 aprobaron una Constitución que aún que preservaba el catolicismo del estado y la corona y apoyaba el regreso de los Borbones, introducía algunos avances en lo político y económico. Este texto constituyente, «la Pepa», redactado por y para los hombres que luchaban contra el invasor francés, fue derogado por Fernando VII al llegar al trono en 1814.
También volvió a instaurar la Inquisición.
